Što se događa s pepsinom koji uđe u tanko crijevo?

Pepsin koji ulazi u tanko crijevo deaktivira se alkalnim pH tankog crijeva. Pepsin je kisela proteaza koja optimalno funkcionira u kiseloj sredini želuca. Kada uđe u tanko crijevo, koje ima pH oko 8, gubi svoju aktivnost i više nije u stanju razgraditi proteine. Gušterača također izlučuje bikarbonatne ione u tanko crijevo, što dodatno pomaže u neutralizaciji kiselog himusa i stvaranju okruženja koje je pogodnije za druge probavne enzime, kao što su proteaze i lipaze gušterače.