Prednosti koristeći gel elektroforezu
Agaroza gel lako pročišćava za korištenje i uzorci mogu se lako vratiti . Gel je također vrlo promjenjivi povećati razmak između velikih i malih molekula DNK . Budući da je napravljen od šećera prisutne u algama , agarnom je jeftinije nego alternativa isigurnije gel proizvod za uporabu u elektroforeza .
Akrilamid Gel
Kao agarozu , akrilamida je lako mijenjati . S većom nosivosti , to može pokrenuti više uzoraka naisto . To je glavna prednost u odnosu na agarozom je da akrilamida ima manjih pore , što je bolje prilagođen za odvajanje manje molekule DNA koja agaroznom gelu neće moći odvojiti . Međutim , mjehurića jeveći problem za akrilamida , a , budući akrilamida jeneurotoksin , to može biti vrlo opasno raditi.
Kapilarna elektroforeza
Zbog topline rasipa brzo u polimer , kapilarna elektroforeza potrebno manje vremena nego gelovi; minuta u odnosu na vrijeme . Kao što je dobro , jer se rezultati prate elektronskimcijeli proces može biti automatiziran . Međutim , kapilarna elektroforeza ne može pokrenuti što više uzoraka u isto vrijeme kao i gelovi , a strojevi ( po cijeni od preko 100.000 $ po jedinici ) i reagensi koštati znatno više nego u načinu gel razdvajanja , tako da većina laboratoriji nemaju pristup tehnologija .