AutoDock Atom Tipovi

AutoDock je edukativna platforma koja koristi poznatih atoma i mreže sučelje u kombinaciji sa lijepljenja predvidjeti obvezujući stopu većine malih molekula . To omogućuje studentima gotovo studirati molekulu obvezujuće bez potrebe za skupim laboratorijskim vremena i treninga . Elementi

AutoDock podržava osnovne elemente : H , C , N , O , P , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br i I. To su parametrizirana u okviru programa tako da prepozna svoje fizičke osobine , osobine i reakcije na druge elemente . Ti osnovni elementi mogu se koristiti da tvore molekulu i testirani s veznim aplikacije ili otapala . Na primjer,student bi ukazivalo dva vodikova molekule se jedna molekula kisika , H2O i da će biti u mogućnosti testirati ovu molekule vode protiv svoje obvezujuće stope .
Uvez

AutoDock podržava razne obvezujuće ili pristajanje kemikalije i elemenata ,ime i naljepnicu ili elementa docking treba upisali u korisničkom sučelju za pronalaženje i odabir odgovarajućeg elementa . AutoDock pruža sustav alata za prikaz pomoći , pratiti i ubrzati proces spajanja. To su X - ray kristalografija , struktura - based design droga , olova , optimizacija virtualnog skeniranja (HTS ) , kombinatorne biblioteke dizajn , protein - protein priključivanje i kemijski mehanizam studije . To omogućujeučeniku da rade s elementima i da ih poveže pod različitim uvjetima , tako da su najbolji i najprecizniji rezultati ispitivanja može postići .
Grid Karta

AutoDock je mrežu ili Grid Karta se koristi za uparivanje i meča elementi s veziva , da to učine ,student bi trebao ući u kemijsku naziv elementa u jednom pismu formatu da ga pronašli na rešetki . Elementi na mrežu već studirao i testirani i njihove ograde su već definirani . To omogućujeučeniku da jednostavno odaberite atom i vezivo bez potrebe ulaziti u detalje . AutoDock Grid Karta stoga omogućujeučeniku da uče o svojstvima i oboda atoma , a testiranje svoje obvezujuće stopu .
Dodavanje elemenata

Ukolikostudent ima elemente koji još nije stupio na AutoDock sustavu , oni mogu u njega ući pomoću AutoDock je pre - postojeće perimetera datoteku s točnim detaljne informacije o atoma u pitanju . To onda bi trebao biti učitane AutoDock i kalibrirati , ponovno kalibrirati za točnost prije testirali . Međutim , treba napomenuti da je dodavanje element zahtijeva in-dubina znanje o tome kakoje element će djelovati i reagirati tijekom procesa vezivanja , kao i sa drugim atomima .