Kako su hicv i povezani?
Ove tehnike mjere učestalost fizičkih interakcija između različitih regija genoma, dajući uvid u strukturu kromatina višeg reda i dugotrajne regulatorne interakcije. Evo nekih često korištenih Hi-C i srodnih tehnika:
1. Hi-C (hvatanje konformacije kromatina velike propusnosti):
Ovo je izvorna i najraširenija Hi-C tehnika. Uključuje umrežavanje kromatinskih segmenata koji međusobno djeluju, fragmentiranje DNK, a zatim međusobno povezivanje fragmenata DNK. Ligirani fragmenti se zatim sekvencioniraju, a dobiveni podaci koriste se za generiranje mape interakcije na cijelom genomu.
2. 5C (Circular chromosome conformation capture):
Ova je tehnika slična Hi-C, ali koristi drugačiju metodu pripreme biblioteke koja rezultira cirkulariziranim fragmentima DNK. Cirkularizacija omogućuje učinkovitije hvatanje dugotrajnih interakcija i može pružiti podatke veće rezolucije u određenim regijama genoma.
3. ChIA-PET (analiza interakcije kromatina sekvenciranjem uparenih krajnjih oznaka):
Ova tehnika kombinira imunoprecipitaciju kromatina (ChIP) s Hi-C za identifikaciju dugotrajnih interakcija povezanih sa specifičnim proteinima ili modifikacijama histona. Može se koristiti za mapiranje interakcija specifičnih faktora transkripcije ili drugih regulatornih proteina s njihovim ciljnim genima.
4. PLAC-seq (sekvenciranje kromatina potpomognuto blizinskom ligacijom):
Ova tehnika koristi proximity ligation za hvatanje interagirajućih fragmenata DNA prije sekvenciranja. Omogućuje otkrivanje interakcija u višoj razlučivosti u usporedbi s tradicionalnim Hi-C metodama i može pružiti informacije o orijentaciji sekvenci u interakciji.
5. Snimite Hi-C:
Ova tehnika koristi biotinilirane RNA sonde za obogaćivanje interakcija između specifičnih genomskih regija od interesa. Dizajniranjem sondi koje ciljaju specifične lokuse, Capture Hi-C omogućuje ciljanu analizu genomskih interakcija na način specifičan za regiju.
Svaka od ovih tehnika pruža vrijedne informacije o trodimenzionalnoj organizaciji genoma i pridonijela je našem razumijevanju regulacije gena, dinamike kromatina i nuklearne arhitekture. Odabir tehnike često ovisi o specifičnom istraživačkom pitanju i željenoj razini rezolucije i mogućnosti mapiranja.
